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L n c P h e D B | H o m e L n c P h e D B A d a t a b a s e o f g e n o m e w i d e l n c R N A r e g u l a t e d p h e n o t y p e s H o m e B r o w s e L n c R N A G W A S B l a s t N e t w o r k D o w n l o a d C o n t a c t A b o u t t h e G e n o m e W e l c o m e t o L n c P h e D B L n c P h e D B i s a c o m p r e h e n s i v e f u n c t i o n a l p l a n t l n c R N A d a t a b a s e . I n c u r r e n t v e r s i o n , P L n c D B c o n t a i n s 1 2 4 6 3 7 2 l n c R N A s a n d p r e d i c t e d l n c R N A t a r g e t p a i r s i n 8 0 s p e c i e s p h y l o g e n e t i c a l l y r a n g i n g f r o m c h l o r o p h y t e s t o e m b r y o p h y t e s . I n a d d i t i o n , 1 3 8 3 4 t r a n s c r i p t o m e d a t a s e t s d e r i v e d f r o m v a r i o u s s a m p l e s i n c l u d i n g d i f f e r e n t t i s s u e s , d e v e l o p m e n t a l s t a g e s , m u t a n t s a n d s t r e s s t r e a t m e n t s w e r e u s e d f o r q u a n t i f i c a t i o n o f l n c R N A / g e n e e x p r e s s i o n p a t t e r n s . M o r e o v e r , 4 5 6 e p i g e n e t i c m o d i f i c a t i o n d a t a s e t s a n d s m a l l R N A d a t a s e t s w e r e a l s o i n t e g r a t e d t o e x p l o r e t h e e p i g e n e t i c r e g u l a t i o n o f l n c R N A s . P L n c D B h a s m a n y u n i q u e f e a t u r e s s u c h a s a n n o t a t i n g l n c R N A s w i t h a u n i f o r m m e t h o d , s o l i d a n d e x t e n s i v e i n f o r m a t i o n o n e x p r e s s i o n , r e f e r e n c e s , a n d p r o v i d i n g m a n y c o n v e n i e n t d a t a a c c e s s e s , p o w e r f u l s e a r c h a n d d o w n l o a d e n g i n e s . W e b e l i e v e P L n c D B i s a t r u l y f u n c t i o n a l k n o w l e d g e b a s e a n d w i l l p r o v i d e n o v e l i n s i g h t s i n t o p l a n t l n c R N A r e s e a r c h a n d b e n e f i t t h e w h o l e r e s e a r c h c o m m u n i t y . L n c P h e D B ( a g e n o m e w i d e L o n g n o n c o d i n g R N A r e g u l a t e d p h e n o t y p e s d a t a b a s e i n p l a n t s ) i s a f u n c t i o n a l d a t a b a s e f o r s t u d y i n g t h e r e g u l a t o r y p h e n o t y p e s o f l n c R N A s o n a g e n o m e w i d e s c a l e . I n c u r r e n t v e r s i o n , L n c P h e D B c o l l e c t e d a n d c u r a t e d 2 0 3 , 3 9 1 k n o w n a n d p r e d i c t e d l n c R N A s e q u e n c e s i n 9 s p e c i e s u s i n g a u n i f i e d r e f e r e n c e g e n o m e a n n o t a t i o n . A t t h e s a m e t i m e , 2 0 0 0 p h e n o t y p i c t r a i t s a n d 1 2 0 2 7 1 s i g n i f i c a n t a s s o c i a t i o n l o c i w e r e m a n u a l l y s o r t e d f r o m 4 2 1 h i g h q u a l i t y r e f e r e n c e s , a n d t h e l n c R N A s e q u e n c e s , g e n o m e c o o r d i n a t e s , l i t e r a t u r e i n f o r m a t i o n , v a r i a n t l o c i a n d p h e n o t y p e c o r r e l a t i o n s o f t h e s e r e s o u r c e s w e r e p r o v i d e d . e t c . M o r e i m p o r t a n t l y , L n c P h e D B i n t e g r a t e s 6 8 8 6 2 l n c R N A s e q u e n c e s w i t h p o t e n t i a l r e g u l a t o r y r o l e s f o r v a r i o u s a g r o n o m i c t r a i t s t h r o u g h l i n k a g e d i s e q u i l i b r i u m i n e a c h s p e c i e s , a n d i n t e g r a t e s g e n e s w i t h i n t h e L D s e g m e n t o f l n c R N A a s s o c i a t e d v a r i a n t l o c i a n d p r o t e i n s e q u e n c e s o f t h e s e g e n e s . T o a d d t o t h e c o m p r e h e n s i v e n e s s o f t h e i n f o r m a t i o n , w e h a v e a l s o p r e d i c t e d t h e t a r g e t g e n e s o f l n c R N A s t o e x p l o r e t h e f u n c t i o n a l m e c h a n i s m s o f l n c R N A s . A l s o , t h e d a t a b a s e p r o v i d e s a B L A S T s e a r c h t o o l t o e x p l o r e t h e c o n s e r v e d n a t u r e o f l n c R N A s a n d p o t e n t i a l r e g u l a t o r y m e c h a n i s m s o f c o n s e r v e d l n c R N A s a c r o s s a l l r e s o u r c e s . I n a d d i t i o n , L n c P h e D B a l s o p r o v i d e s a u s e r f r i e n d l y i n t e r f a c e , a g e n o m e v i s u a l i z a t i o n p l a t f o r m , a n d m u l t i l e v e l a n d m u l t i m o d e c o n v e n i e n t d a t a s e a r c h i n g b a s e d o n l n c R N A I D , g e n e I D , g e n o m i c p o s i t i o n a n d r e g i o n , p h e n o t y p i c t r a i t s , v a r i a t i o n l o c i a n d s o o n . W e b e l i e v e t h a t L n c P h e D B p l a y s a n i m p o r t a n t r o l e i n m i n i n g l n c R N A r e l a t e d d a t a o f p l a n t s . I n v o l v e d P l a n t s C u c u m i s s a t i v u s L . G o s s y p i u m b a r b a d e n s e L . H o r d e u m v u l g a r e L . L y c o p e r s i c o n e s c u l e n t u m M i l l e T r i t i c u m a e s t i v u m L . Z e a m a y s L . S o r g h u m B i c o l o r L . O r y z a s a t i v a L . G l y c i n e m a x L . 备 案 / 许 可 证 号 : 津 I C P 备 2 0 2 1 0 0 6 6 0 5 号