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杭州师范大学基础医学院前身为浙江医科大学杭州分校基础医学教研室（成立于1978年），2020年11月，原医学院基础医学系和衰老研究所整合，成立了杭州师范大学基础医学院。
物理学院于2001年成立，由原杭州师范学院1978年设立的数学系、物理系合并组成，于2009年增设了遥感地学系。现有在校学子1600余名、教职员工143名，其中专任教师115名。建有陈建功高等研究院、遥感与地球科学研究院，设有国家遥感中心湿地遥感研究部、应用数学研究所、密码学研究所、凝聚态物理研究所、数学教育研究所、科学教育研究所等研究机构。
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